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24.8 东京大学 CBMS 修士课程考试经验分享

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Zephyr
Master Student in Computational Biological Science Program, GSFS at The University of Tokyo

24.8 东京大学 CBMS 修士课程考试经验分享

0. Background

三维:某 top3.3 大学化学本科 + 软工 minor(23.6毕业),T105,N2 79,GPA2.9(软工 3.55/4.0),gap 一年

经历:毕设=一篇 JACS 计算化学共一(计算部分蹭了一下),AI4S 初创 SDE+MLE 实习 6 个月(这点似乎面试很加分)

前置任务:22408 挑战失败,408 110;NYU Tandon CE 无奖,但因为 NYC 比天高的物价 + 后续发展不明朗所以 defer 了

详细请看我的主页:Zephyr


进入gap year后很快我就决定美日双线开申,最后美国就拿了Tandon CE的offer,听说80%毕业送中+NYC超高物价(一年生活费=2年东大学费+生活费),所以火速转日。


在看了各种项目后,决定拿CBMS做保底,冲刺情理(笔试完觉得还挺有希望,没合,悲)。因此我的时间线可以算作从24.3开始算。

1. Why CBMS?

CBMS=计算生物学+医学科学

其中 CB 包含了一些 AI4S 的组和很多很多生信方面(如组学)方面的研究组。如果有生物/药学/医学背景,会比较对口(当然纯 CS 背景我感觉教授们也很会很欢迎)。

2. Which Professor?

选定适合的导师是申请成功的关键之一。根据自己的研究兴趣,可以从 CBMS 官方网站查看每位教授的研究方向,推荐以下几步来选定导师:

确定研究领域:结合自己的学术背景,确定自己在计算生物学、医学数据分析、药物研发等哪个领域更有兴趣和潜力。

阅读教授的论文:浏览教授最近的科研成果,查看是否有自己感兴趣的研究课题。Google Scholar 或 PubMed 可以帮助你快速找到相关文献。

与现有学生交流:通过网络社区或直接联系在读生,了解该教授的指导风格和实验室氛围。

由于我有一些计算化学/AI 制药的研究与工作经历,因此我一开始就选择了津田研作为第一志愿(后来才发现津田研是 CB 最火爆的研究室 hhh)。

以上阶段在夏入日程中,最好在当年 1-2 月就要确定了。托福最好也在这个阶段之前搞定,后面会很紧张。

3. How to Contact?

联系教授的最佳时机是研究科开 Open Lab/入试说明会的时候,一般在当年 4-5 月。教授似乎都很希望学生(尤其是中国学生)线下去聊聊,我相信大家也很想知道日本大学校园/研究室/教授是怎么个情况,所以如果有条件请一定约一个线下面谈。

Info:今年线下开放日来找 Tsuda 老师面谈的修士考生基本都是中国人,接近 10 个人,线上也许会更多。

联系教授前,需要做好充分准备。以下是几个关键步骤:

准备简明的自我介绍:介绍自己的学术背景、研究兴趣,以及为什么对该教授的研究感兴趣。保持邮件简洁,但要突出自己和教授研究领域的契合点。

研究计划初稿:不是很必要,套磁完再写也不迟,不过可以写那么一小段在邮件里。

表达求知欲:说明你希望进一步讨论研究方向,并表示愿意在面试前与教授探讨相关课题。

注意:请认真对待套磁!套磁相当于第一轮面试,展示给教授的所有东西都应该是精心设计过的。

请看我 SNS 摘选:

给导师发套磁信真像是在写 love letter…把 ta 的各种网页论文个人社交媒体都挖个底朝天然后再写了改改了写最后眼巴巴等着可能永远不会来的回复

一个反面例子:有一位同路人事后说起 ta 套磁 Tsuda 教授,线上面试的时候滔滔不绝讲了之前做的游戏项目,Tsuda 老师笑而不语。

Info:面试的时候 Tsuda 老师用语很谨慎,没给任何的答复,基本也就基于我的 CV 问了一些基本情况,介绍了一下实验室。在一个月之后老师才给了同意考试的答复。

4. How to Write RP?

研究计划是你展示科研潜力的重要材料。一个好的研究计划应当包含以下几个部分:

研究背景:简要介绍你想解决的问题,为什么这个问题重要,以及目前的研究现状。

研究目的:明确你想要达成的目标,以及你计划如何推进该研究。

研究方法:描述你打算采用的实验或计算方法,可以强调你在这些方法上已有的经验。

预期结果与贡献:讨论你的研究可能带来的科学/社会贡献,以及如何推动领域的发展。

其中最重要的反而是问题本身和研究现状,具体 approach 可以不用很详细(硕士两年就要研究这个问题)。一个好的 idea 会更加引入注目。

5. Exam Preparation

5.1 笔试准备

笔试主要分为数学和算法。以下是各部分的复习建议:

数学:复习线性代数、微积分和概率论(马尔科夫链)。多做历年真题,线代部分推荐先用 MIT 18.06 打基础!

算法:主要就是算法复杂度 + 排序算法 + 动态规划 + 图论。CBMS 考察的算法主要重应用,算法 code 得记一下,证明都很简单。可以先用 CLRS 算法导论开路,辅以过去问来复习。DP 会有一些生信特有算法,大家可以在做过去问的时候重点整理一下。

我没有写很多是因为我感觉这部分需要大家自己做题来感受。

其实我主要就靠的和 GPT 一起合作,边做题边复习/补漏知识点。CBMS 过去问基本覆盖了大部分考点,请务必先刷完保证没有疑问。

使用的整理工具是Obsidian,配合Markdown语法。

这部分请参考我的过去问网站:Zephyr's Notes on ISCS & CBMS, UTokyo,之后我也会参与 @祭音 组织的 The Kai Project 过去问项目。

CBMS 部分我之后会加以更新!如果有错漏大家请务必联系我,欧内该!

5.2 英语成绩

TOEFL iBT 是必需的,尽量提前准备。

6. Written & Oral Exam

6.1 赴考准备

由于柏校区实在是太远太远太远太远太远了,因此推荐在柏之叶地区住上一两晚。交通请认准:筑波 Express+ 车站前的一些西柏 03-10 公交车。

我这次住了三井的两家:一家名字里有 Parkside,在学校对面;一家在 TX 站边上。我笔试前住的是 Parkside 店,后两天住的是车站店。

Parkside 店可能最近刚装修完?会有点甲醛味,不过二楼有一个自习室,考前晚上全是考生 hhh。

车站店会更大一些,推荐早订,很热门,早饭很好。有个温泉大浴场,似乎有都市传说:泡过的都合了。

6.2 笔试

早上可以早点吃早饭,考场提早一个小时开放,可以进去坐会吹空调。考场里老师会投屏时钟,因此不用担心时间问题。使用的是铅笔,考前请注意多加练习。算法部分要好好规划一下书写部分,别写不下了。考试试卷是每题一张 B4 的纸,如果有条件可以去买一些加以练习。

我拿到卷子看了一下放弃了最没把握的两道题(概率据说其实很简单,最后一题是 DP 但是我以为马尔科夫链),按照的是 复杂度->线代->基数排序->图论 的顺序写的。因此基本每道题都分配了 30 分钟,没有很紧张。

复杂度是常规考法,按下不表。

线代考了 SVD,没做出来最后两问,用准备情理 CS 的矩阵求导大法硬做了两问。

图论题考了有向无环图,默写了拓扑排序和关键路径,很常规。

碱基基数排序题我感觉很熟悉,我感觉有点 DP 思想。这道题中心问题是给了一组同长度的碱基序列,假定这些序列按照前 N 个碱基字母序排序好了,求如何根据第 N+1 个碱基继续字母序排序。只要看出来是基数排序就很简单。

6.3 口试

考完第二天中午出了笔试名单,再后一天面试。当天换好白衬衫西裤就去了,去太早还没开门,教授们都坐在外面聊天。每个人基本 6-8 分钟。面试是所有教授都坐一起,像开会的那种大长桌,考生坐在领导位。你的一志愿老师会离你坐的更近一些。

我被问到:

主持人问:为什么考 CBMS;

Tsuda 老师问:实习的公司是在哪里,是在日本吗;我说公司在加州湾区,不过我是远程实习;

Tsuda 老师问:实习主要干了些什么;我说我有参与一些机器学习项目,不过主要是维护了后端。

似乎RP没被拷打!也许之前交流中老师已经了解够详细了。

出来的时候大家都惊讶怎么那么快,他们说就 2-3 分钟,我自己是没有实感 hhh

然后第二天就合了。